Station Amsterdam Muiderpoort fungeerde tijdens de Duitse bezetting van Nederland als één van de deportatieplaatsen waarvandaan joden naar Kamp Westerbork werden gedeporteerd. Het eerste transport vanaf hier vertrok op 3 oktober 1942, het laatste op 26 mei 1944. In totaal zijn er ruim 11.000 vervolgden vanaf hier naar Kamp Westerbork afgevoerd.

Amsterdam CS werd gebruikt om Nederlandse Joden te deporteren naar Kamp Westerbork. Na de bevrijding keerden de meeste overlevers terug via Amsterdam CS, hier was een speciaal repatriëringscentrum voor registratie, medische controle en politieke controle.